可以看出，非營利組織接受捐款、除財政撥款外的政府補助、會員費、銀行存款利息均為免稅收入。但政府購買服務、金融資管產品收益、股權及委托投資收益，均需要繳納企業所得稅。當前，根據《中華人民共和國企業所得稅法》第四條規定，企業所得稅的稅率為25%，這對慈善組織投資收益行為是個不小的重擔。

　　 新修訂的《中華人民共和國慈善法》第八十六條規定，“慈善組織及其取得的收入依法享受稅收優惠。”據慈善資產管理的民間交流平臺“中國慈善資產管理論壇”統計，2020年，我國基金會投資收益總額為69億元。若按照25%的企業所得稅率全額繳納，其稅收總額也僅有17億元。

　　 全國政協委員、中國殘疾人福利基金會理事長龍墨在2023年全國“兩會”期間接受媒體采訪時表示，銀行存款利率持續下調，慈善組織銀行存款收益穩中有降。購買資管產品、股權投資需要繳納稅收，這讓慈善組織“自我造血”面臨壓力，只能指望募款收益，很難做強做大。要有更為合理的制度安排，對慈善資產的投資收益給予免稅優惠政策。

　　 “慈善組織的投資收益并未分配，仍然用于慈善活動，按道理應該作為免稅處理。”彭艷妮說。

　　 2024年8月19日，財政部辦公廳發布了新的《民間非營利組織會計制度（征求意見稿）》，目前征集時間已過，新的制度預計2026年1月1日實施。

　　 新規中，對于企業納稅年度虧損項目，可以用“匯算彌補”抵扣。具體表述為以后年度的所得進行彌補，但結轉年限最長不得超過五年。這意味著，如果非營利組織在某一年度出現虧損，可以在接下來的五年內用盈利來彌補這一虧損。